Neix a Múrcia el 1664, fill de pares judeo-portuguesos que havien emigrat a Espanya el segle XVI, quan els jueus foren expulsats de Portugal. Sa mare és detinguda per judaisme, quan ell té 14 anys, i és condemnada a tres anys de presó. El fill passa temps amb ella i és adoctrinat en el judaisme.

Als 17 anys, els pares l’envien a estudiar medicina a València, però ell prefereix anar a la universitat d’Alcalá, que tenia més prestigi que la de València en matèria de medicina. A Alcalá es converteix en un dels deixebles predilectes de Francisco Enríquez de Villacorta (1616 – 1680) (Fig. 1), també un jueu convers, galenista intransigent, que era la principal figura de la Universitat d’Alcalá.

Té 21 anys i ja té el grau de llicenciat en medicina, i aviat tindrà el de doctor. Marxa a Madrid on desplega una intensa activitat que en podrem dir de relacions públiques, per conèixer gent influent, assistint a tertúlies i altres ambients professionals. Assisteix com a metge a l’Hospital General de la Pasión de Madrid.

En aquests anys és un galenista convençut i té la intuïció d’escriure un llibre que augmentarà molt el seu prestigi,  titulat “Verdadera Apologia en defensa de la medicina Racional Philosophica”, (Fig.2) que apareix el 1691 en resposta a un llibre escrit per un italià resident a Madrid, de nom J.Gazola, “El mundo engañado por los falsos médicos”. Gazola tracta tots els metges d’ignorants, rutinaris i dogmàtics, així com a desfasats galenistes que mitjançant sagnies, purgues i vesicatoris destrueixen impunement la vida de la gent. Zapata és l’únic que gosa desmuntar les tesis de Gazola, que ofenen i desacrediten els metges.

El 1692, denunciat a la Inquisició per judaïtzant segurament per metges envejosos del prestigi de Zapata, és empresonat primer a Madrid i després a Cuenca. Passa un any a la presó, però és alliberat per falta de proves. No obstant, la causa queda oberta, impedint-li ocupar una càtedra o qualsevol destí públic, ni tan sols revalidar el seus títols davant el protomedicat.

Zapata, que ha abandonat el galenisme, s’interessa per les novetats científiques i es converteix en el metge més prestigiós de Madrid, i és sol·licitat per la Casa Reial i per alts dignataris, com els cardenals Portocarrero i Borja. Se’l classifica entre els Novatores, que és un moviment que engloba científics europeus innovadors de les dues últimes dècades del segle XVII, i, que es podria considerar com un precursor de la Il·lustració.

El 1690 és cofundador de la Sociedad Médico-Química de Sevilla, amb el seu amic Juan Muñoz Peralta (Fig.3), format a la Universitat de Sevilla, i impulsor junt amb Zapata de la renovació de la carrera de medicina a Espanya. La renovació de la medicina va en contra del galenisme imperant el segle XVIII. Aquesta defensa li costà a Juan Muñoz, igual que a Zapata,  un procés el 1721 davant la Santa Inquisició sota l’acusació de ser judaitzant.

El 1701 Diego Mateo és novament detingut per la Inquisició, no únicament per ser judaïtzant, sinó també per haver exercit de rabí. Està quatre anys en presó preventiva. Traslladada la causa a Cuenca, es confessa culpable per por de ser torturat. En l’auto de fe celebrat el 14 de gener de 1725, és condemnat a confiscació de la meitat dels seus béns, deu anys de desterrament de Madrid, Cuenca i Toledo, i un any de presó per rebre adoctrinament en la fe catòlica (Fig.4).

Zapata no en fa cas, torna a Madrid i reprèn les seves activitats professionals. El protomedicat tracta d’obtenir la seva inhabilitació, però el rei Felip V ho impedeix. Zapata fou un dels mes actius i eficaços impulsors de la ciència espanyola. Els seus llibres, com Crisis médica sobre el antimonio, eren molt llegits, on defensa l’ús de productes químics com a remeis (Fig.5).  En definitiva fou un metge modern, ben informat, i amb una notable clientela.