Avui és un criteri incontestat que la conquesta d’Amèrica pels conquistadors espanyols va ser més deguda a infeccions per virus i bacteris transportats pels soldats espanyols, més que no pas per les armes dels invasors.

Encara que els historiadors no disposin de fonts precises per calcular la letalitat deguda a les infeccions que es presentaren amb caràcter epidèmic, tothom s’inclina per considerar que en aquests territoris hi vivien entre 30 i 50 milions quan arriben els espanyols.

Les conseqüències del contacte entre els agents microbiològics que transportaven els espanyols i el seu bestiar amb la població indígena van ser dramàtiques per aquesta, que no estava immunitzada contra aquests agents perquè havien viscut durant generacions aïllats de la resta del món.

Encara que no sapiguem el nombre exacte, es pot estimar que els morts pogueren estar a voltant de 40 milions. Aquesta mortalitat per malalties diverses va impactar especialment en la població militar perquè mentre preparaven les batalles i mentre combatien, el contacte entre les tropes invasores i els envaïts era molt pròxim.

L’elevada mortalitat de la població indígena ha estat descrita per historiadors anglosaxons que han fomentat la llegenda negra anti-espanyola, considerant que la conquesta espanyola fou un genocidi intencionat. Res més lluny de la realitat, perquè fins i tot als conquistadors els hi semblava sorprenent la poca resistència de l’enemic, abans d’adonar-se que era degut a malalties.

En alguns territoris com les Antilles, la població local, els tainos, va quedar exterminada. De fet hem de considerar que tenien raó els que interpretaven que la brutal reducció de la població indígena era deguda a la conquesta, però la causa era més aviat multifactorial, en les que intervenien primer les epidèmies, però també les guerres, la malnutrició i els maltractaments que rebien els indígenes obligats a treballar a les mines.

Un metge que anava amb els conqueridors, Diego Álvarez Chanca, ja va sospitar que l’aïllament en que havien viscut durant mil·lennis els indígenes havia impedit un contacte amb aquests agents infecciosos que no els hauria immunitzat. Alvárez Chanca havia viatjat amb Colom en el seu segon viatge i va comprovar l’eliminació de la població de les Antilles.

De totes les epidèmies que es produïren, la més nociva fou la verola, portada al continent americà per un esclau negre que anava amb la tropa de Pánfilo de Narváez, que provenia de Cuba i arribà en el que ara és Mèxic perseguint Hernán Cortés (Fig.2).

Després de la verola, altres epidèmies que van causar una gran mortalitat, foren el xarampió i la grip porcina. També hi va haver una gran mortalitat entre els indis d’Amèrica del Nord, no tant per infeccions víriques i bacterianes, sinó especialment perquè moltes tribus van establir una política de terra calcinada per obligar a marxar als ocupants primer, però es van quedar sense caça (Fig.3).

La intenció de les autoritats americanes de liquidar els indígenes, per quedar-se amb les seves terres, sona més a genocidi que no pas el que feien els conquistadores espanyols.