La Guerra Civil desbaratà la societat catalana (i espanyola) i alterà la vida quotidiana de moltes famílies. El canvi de vida més notable que van patir va ser l’exili, que va ocórrer en dues fases. El 1936, s’inicià l’exili de metges catalans, que podríem definir com de tendència conservadora, a causa que la Generalitat Republicana no era capaç de mantenir l’ordre i la seguretat en el seu territori (Fig.1). Alguns d’aquests metges van ser amenaçats de mort per anarquistes descontrolats. Del 1936 al 1937 van ser assassinats a Catalunya 62 metges i, del 1938 al 1939, altres 19. Una gran part d’aquests metges que abandonen la seva terra es traslladen a l’“Espanya nacional”, passant per Itàlia i França.

El 1939 s’inicia un segon exili, molt més nombrós, de metges que se senten amenaçats pel triomf dels rebels. Cap d’ells tenia delictes de sang, però la gran majoria havien ocupat llocs de treball a l’administració republicana. Molts d’ells no havien militat en cap partit polític, sinó que simplement havien treballat al servei de la sanitat republicana.
Molts metges d’ideologia progressista no s’exiliaren després de la guerra, però van patir un exili interior, ja que van ser desposseïts dels seus càrrecs públics i se’ls va impedir la promoció acadèmica. Exemples d’aquests metges foren Moisès Broggi (Fig.2) i Frederic Domènech Alsina.

El primer destí per a la majoria d’exiliats va ser el sud de França, per la proximitat amb Catalunya, que permetia la fugida en cotxe. Alguns dels fisiòlegs catalans, com el professor Jesús Bellido (Fig.3), van investigar a partir de 1939 a Tolosa.

El govern republicà de Juan Negrín va crear dues institucions (SERE i JARE) per facilitar la sortida cap a Amèrica dels exiliats i permetre’ls instal·lar-se en algun país americà.
Mèxic va ser el país escollit per una gran proporció d’exiliats espanyols que no van poder anar a països americans, que tenien polítiques migratòries molt estrictes, com EUA, Puerto Rico, Argentina, Colòmbia, Xile i Uruguai, ni van voler anar a països que presentaven inestabilitat política com Brasil, República Dominicana o Cuba, i finalment altres tenien dificultats econòmiques, com Perú, Bolívia i països d’Amèrica Central.
Al Mèxic de 1939, el govern de Lázaro Cárdenas (Fig.4) va ajudar de manera inestimable a l’Espanya Republicana, obrint les portes als exiliats, amb la creació d’una institució per acollir els intel·lectuals (Casa d’Espanya) i fomentant en general la residència i el treball. Aproximadament 300 metges espanyols es van exiliar a Mèxic i el 80% d’ells es van instal·lar a Mèxic DF.

En els primers anys d’exili la majoria de metges exiliats feren de metge d’altres exiliats espanyols. Alguns exerciren en centres reconeguts, com el Sanatorio español (Salvador Armendares), la Benéfica Hispana (Juan Ant. Aiguadé, Francesc Aramburu, Rafael Trueta), o la Clínica Barsky. Alguns van trobar feina en laboratoris farmacèutics o en van crear algun de propi, com el Servet o el Laquisa.
La UNAM i l’Institut Politècnic van incorporar alguns investigadors espanyols (I. Costero, F de Buen) i altres catalans (Jaume Pi-Sunyer, Albert Folch-Pi, Antoni Oriol-Anguera). També algunes universitats van obrir les seves portes a estudiosos catalans (Gabriel Capó i Ant. Peyrí a la Universitat de Nova León, Rosendo Carrasco a la Universitat de Puebla, o E.J. Folch a la Universitat de Coahuila). Altres investigadors van ser acollits en altres centres, com Jaume Aiguadé a l’Institut Nacional de Nutrició, Cristià Cortes i E. Folch a l’Institut de Cardiologia, Wenceslao Dutrem i F. Paniello a l’Escola de Medicina Rural. En els primers anys d’exili, la majoria de metges exiliats van exercir la seva labor professional al servei dels altres exiliats espanyols.
La Mutual Mèdica del Sindicat de Metges de Catalunya va ser traslladada a Mèxic i anomenada “Borsa del metge català”. Va complir funcions de mútua d’ajuda mútua i es va tancar el 1972.