L’etapa final de la vida d’Hernán Cortés fou menys brillant del que esperava el conqueridor, convençut que havia fet una gran conquesta en territori mexicà (Fig.1).

La resta d’espanyols que tenien una certa autoritat en el territori dels mexicans no apreciaven Hernán Cortés. Aquesta desavinença es manifestà l’any 1547, quan es va sentir obligat a fer un viatge a Espanya, per queixar-se davant el rei perquè l’havien destituït com a governant de la regió.
Per destituir-lo van aprofitar la seva marxa amb uns quants companys militars en busca de Cristóbal de Olid, que havia marxat cap a Hondures, sense necessitat i sense dir-ho a Cortés, amb l’única finalitat d’aconseguir terrenys que estiguessin sota la seva autoritat (Fig.2).

El enemics de Cortés aprofiten que abandona Mèxic per fer-li un judici de residència i a sotmetre’s a una revisió de com havia governat. El judici va acabar amb la seva destitució com a dirigent de la nació.
Cortés decideix tornar a Espanya i parlar amb el rei, esperant que el torni a col·locar com a delegat del govern. En la investigació, la família de la seva dona el va acusar d’haver mort la seva dona Catalina Suárez, 25 anys enrere, quan en el curs d’una discussió amb el seu marit va patir una lesió, que es va interpretar que havia causat la mort de la dona. Sembla que la dona va anar a dormir conscient , però el matí següent la troben morta al llit. S’ha de tenir en compte que les presses de Cortés en voler-la enterrar no van permetre fer un examen detallat de les lesions de la morta, i podien fer pensar en que Cortés volia amagar lesions que suggerissin un atac.
Cortés va quedar molt decebut perquè el rei no li va donar la raó en el seu conflicte amb les autoritats mexicanes. Només li va donar un títol honorífic, marquès d’Oaxaca, i el càrrec honorífic de capità general, però sense funcions de govern.
D’aquest viatge a Espanya Cortés no va tornar a Mèxic. Va morir el dia 2 de desembre de 1547 a casa d’uns amics seus a Castilleja de la Cuesta, pràcticament sol i amb ganes de tornar a Amèrica, atribuint-se la mort a una pleuresia.